Dans une lettre ouverte publiée par le JDD, elle interpelle et tacle Laurent Wauquiez sur le sujet des migrants de Calais. Selon elle, le président de la Région Auvergne Rhône-Alpes "attise les peurs et relaye les discours de haine".
Emmanuelle Cosse a moyennement apprécié que Laurent Wauquiez s’oppose au plan gouvernemental qui répartira les migrants de Calais dans différentes régions après le démantèlement de "la Jungle". Le n°1 des Républicains avait promis de n’aider en aucun cas le préfet, mais a contrario d’aiguiller les élus locaux qui le souhaiteront pour éviter qu’ils n’accueillent des réfugiés.
"Par vos initiatives, vous contribuez à la dégradation du débat public, quand il s’agit seulement d’en finir avec une situation humaine indigne. Votre famille politique issue de la tradition gaulliste vaut mieux que cet affaissement populiste", se désole Emmanuelle Cosse, demandant à Laurent Wauquiez de reprendre sa "place au sein du pacte républicain".