Cet agence, dont le budget peine à être bouclé, coordonne notamment le financement des infrastructures autres que la route dans le cadre de la transition énergétique, telles que la liaison ferroviaire Lyon-Turin, le canal Seine-Nord ou le prolongement du TGV vers Toulouse et l'Espagne.
Une hausse de 1 à 2 centimes est envisagée, selon le secrétaire d’Etat aux Transports, Alain Vidalies. Cela permettrait d’augmenter l’apport de la taxe intérieure de consommation sur les produits énergétiques dans le financement de cette agence. A cela, s’ajoute l’argent provenant de la redevance des sociétés d’autoroute et des radars.
Pour l’instant, aucun arbitrage n'a encore été rendu par le gouvernement sur l'augmentation de cette taxe sur les carburants mais l'idée est déjà sur les rails.