Selon une étude de la Cour des comptes, le trajet Paris-Lyon est le plus fréquenté du réseau... mais aussi le plus rentable. Mais le trajet pourrait perdre ce statut dès 2017 car Lyon pourrait être moins bien desservie que Bordeaux, dont la future ligne à grande vitesse mettra la capitale de l'Aquitaine à 2h05 de Paris, contre 3 heures environ aujourd'hui.
En effet, les arbitrages rendus la semaine dernière par le gouvernement prévoient que dès 2017 les trains entre Paris et Bordeaux effectueront 32,5 allers-retours quotidiens intra-muros. Il y aura également 16,5 trajets directs. Ce sera donc plus que les 22 allers-retours intra-muros avec Lyon, et les 15 directs.