Pour cette rentrée marquée par le Covid, les établissements scolaires doivent mettre en place le protocole sanitaire de niveau 2 annoncé par Jean Michel Blanquer au mois d'août. Tous les élèves seront accueillis en présentiel mais dans le respect des gestes barrières. Le port du masque est obligatoire dès le CP, les brassages doivent être limités, les locaux régulièrement nettoyés et les salles de classes aérées. La pratique sportive sera autorisée à l'extérieur, et aussi à l'intérieur si la distanciation sociale est adaptée.
Le pass sanitaire n'est pas obligatoire, que ce soit pour les élèves, les parents ou les enseignants. Des dispositifs de dépistage et de vaccination vont toutefois être mis à disposition des élèves.
Si un cas positif est déclaré dans une classe à l'école maternelle ou élémentaire, celle-ci ferme et l'enseignement se poursuit à distance pendant sept jours. Dans le cas d'une classe au collège ou au lycée, les élèves contacts sans vaccination complète poursuivent leurs cours en distanciel tandis que ceux complètement vaccinés pourront continuer leurs enseignements en présentiel.